Struktur kepemimpinan di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan UNPATTI didasarkan pada Peraturan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Nomor 20 Tahun 2016, tentang Organisasi dan Tata Kelola Universitas Pattimura, sebagai berikut :
| 1) | D e k a n | : Dr. Yoisye Lopulalan, S.Pi, M.Si. |
| Wakil Dekan Bidang Akademik | : Ir. Pruley A. Uneputty, M.Phill. | |
| Wakil Dekan Bidang Adm. Umum | : Ir. Martha L. Wattimena, MP | |
| Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan | : Dr. Ir. Julius A. N. Masrikat, M.Si | |
| Ketua Senat Fakultas | : Prof. Dr. Ir. Alex S. W. Retraubun, M.Sc | |
| Ketua GJM/UPM | : Dr. Ir. Shelly M. Pattipeiluhu, M.Sc | |
| 2) | Pimpinan Jurusan | |
| Ketua Jurusan MSP | : Dr. Charlotha I. Tupan, S.Pi, M.Si | |
| Sekretaris Jurusan MSP | : Ir. Maureen A. Tuapattinaja, M.Si | |
| Ketua Jurusan IK | : Frijona F. Lokollo, S.Pi, M.Si | |
| Sekretaris Jurusan IK | : Degen E. Kalay, S.Pi, M.Si | |
| Ketua Jurusan BDP | : Jacqueline M. F. Sahetapy, S.Pi, M.Si | |
| Sekretaris Jurusan BDP | : Dr. Ir. Bethsy J. Pattiasina, M.Si | |
| Ketua Jurusan PSP | : Ir. Barbara G. Hutubessy, M.Sc | |
| Sekretaris Jurusan PSP | : Jacobus B. Paillin, S.Pi, M.Si | |
| Ketua Jurusan THP | : Dr. Max R. Wenno, S.Pi, M.Si | |
| Sekretaris Jurusan THP | : Dr. Adrianus O. W. Kaya, S.Pi, M.Si | |
| Ketua Jurusan AGP | : Dr. Ir. Renoldy L. Papilaya, MP | |
| Sekretaris Jurusan AGP | : Dr. Ir. Dionisius Bawole, M.Si | |
| 3) | Ketua Program Studi : | |
| Manajemen Sumberdaya Perairan | : Frederik W. Ayal. S.Pi, M.Si | |
| Ilmu Kelautan | : Junita Supusepa, S.Pi, M.Si | |
| Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan | : Dr. Haruna, S.Pi, MP | |
| Budidaya Perairan | : Daniel G. Louhenapessy, S.Pi, M.Sc | |
| Teknologi Hasil Perikanan | : Dr. Meigy N. Mailoa, S.Pi, M.Si | |
| Agrobisnis Perikanan | : Dr. H. Nanlohy, S.Pi, M.Si. | |
| 4) | Koordinator Pokja Tata Usaha | : Lusy Toumahuw, S.Sos |
| 5) | Sub Koordinator Pokja | |
| Sub Koordinator Pokja Akademik | : Amelia Leiwakabessy, S.Sos., M.Si | |
| Sub Koordinator Pokja Kepegawaian dan Keuangan | : Lidia Ruhulesin, S.Sos | |
| Sub Koordinator Pokja Umum dan BMN | : Raymond Selong, S.Sos., M.Si. | |
| Sub Koordinator Pokja Kemahasiswaan | : Netty Tuanakotta, SH |