Fakultas Perikanan dan IlmuKelautan, disingkat FPIK, merupakan salah satu fakultas yang berada di bawah manajemen Universitas Pattimura dan tidak dapat dipisahkan dari pergerakan roda kehidupan Universitas Pattimura menuju “center ofexcellence”. Universitas Pattimura juga telah memilih dan menetapkan Pola Ilmiah Pokok (PIP) “Bina Mulia Ke-Lautan” sebagai arah pengembangan Universitas yang berkaitan dengan kondisi geografis daerah Maluku. Dengan demikian, FPIK memiliki ikatan fungsional yang berkaitan langsung dengan PIP Universitas Pattimura, serta ditunjang oleh fakultas-fakultas lainnya.
Perkembangannya FPIK diawali dengan terwujudnya sebuah embrio di dalam lingkungan Fakultas Peternakan-Perikanan pada tahun 1976, yang bertepatan dengan diterbitkannya SK. Mendikbud RI No. 039/KEP/1976 pada tanggal 15 Nopember 1976. Berdasarkan SK tersebut, Fakultas Peternakan-Perikanan dipercaya untuk menyelenggarakan 2 jurusan, yaitu Jurusan Peternakan dan Jurusan Perikanan. Pada saat itu belum ada unit pelaksana pendidikan tinggi setingkat Program Studi (PS).
Selanjutnya, Fakultas Perikanan melepaskan diri dari induknya, Fakultas Peternakan-Perikanan pada tahun 1982, dan berdiri sendiri sesuai SK. Presiden RI No. 73/1982 tanggal 7 September 1982 dan dipercaya untuk menyelenggarakan 2 Jurusan / Program Studi (PS) yakni PS.Manajemen Sumberdaya Perairan (PS MSP) dan PS. Pengolahan Hasil Perikanan (PS PHP). Perkembangan Fakultas Perikanan berlangsung terus dengan bertambahnya sebuah PS baru, yaitu PS Ilmu Kelautan (PS IK) pada Jurusan MSP setelah diterbitkannya SK Dirjen Dikti No. 21/DIKTI/KEP/1988. Pembukaan Program Diploma-3, Budidaya Perairan pada lokasi Stasiun Lapangan Hila (SLH) dilakukan berdasarkan SK Rektor Unpatti No. 75 tahun 1995. Penyelenggaraan Program D-3 dihentikan dan tidak lagi menerima mahasiswa baru untuk tahun ajaran berikutnya sampai sekarang akibat timbulnya konflik sosial pada tahun 1999. Tahun 1994, Jurusan/PS PHP berubah nama menjadi Jurusan/PS THP (Teknologi Hasil Perikanan), sesuai Kepmen P dan K RI No. 0311/U/1994.
Pada tahun 2001, Fakultas Perikanan menambah lagi 3 PS baru berdasarkan SK Dirjen Dikti No. 2595/D/T/2001 tanggal 6 Agustus 2001, yaitu:
- PS Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan (PS PSP)
- PS Sosial Ekonomi Perikanan (PS SEI)
- PS Budidaya Perairan (PS BDP)
Baik PS PSP maupun PS BDP berada di bawah koordinasi Jurusan MSP, sedangkan PS SEI berada di bawah koordinasi Jurusan THP. Penambahan 3 PS baru membawa konsekuensi dengan meningkatkan jumlah Staf Pengajar sesuai tuntutan layanan yang saat ini telah mencapai 125 orang.
Perkembangan masih terus berlanjut melalui sejumlah kajian terhadap kondisi objektif Daerah Maluku, Pola Ilmiah Pokok (PIP) Unpatti dan arah pengembangan dalam Renstra Unpatti, serta paradigm baru pembangunan nasional, sehingga nama Fakultas Perikanan perlu disesuaikan menurut kebutuhan pembangunan dan berganti nama menjadi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan sesuai SK Mendiknas No. 121/O/2003 tanggal 5 Agustus 2003.
Perkembangan masih tersu berlanjut melalui sejumlah kajian terhadap kondisi objektif daerah Maluku, PIP UNPATTI dan arah pengembangan dalam Renstra UNPATTI serta paradigm baru pembangunan nasional maka dianggap penting bahwa nama Fakultas Perikanan perlu disesuaikan menurut kebutuhan pembangunan dan akhirnya berganti nama menjadi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan sesuai SK. Mendiknas Nomor 121/O/2003 tanggal 5 Agustus 2003.
Dengan demikian, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan telah menyelenggarakan pendidikan tinggi regular S1 dengan 2 Jurusan dan 6 Program Studi yang dijabarkan sebagai berikut:
1. Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP), menyelenggarakan:
- Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan (PS MSP);
- Program Studi Ilmu Kelautan (PS IK);
- Program Studi Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan (PS PSP);
- Program Studi Budidaya Perairan (PS BDP).
2. Jurusan Teknologi Hasil Perikanan (THP), menyelenggarakan:
- Program Studi Teknologi Hasil Perikanan (PS THP);
- Program StudiSosial Ekonomi Perikanan (PS SEI/PS AGP).
Sejalan dengan tuntutan manajemen organisasi yang semakin kompleks maka pada tanggal 3 Mei 2018, Rektor Universitas Pattimura mengeluarkan SK Rektor UNPATTI Nomor 708/UN13/SK/2018 tentang Pengangkatan Para Ketua Jurusan dan Sekretaris Jurusan Pada Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Pattimura Periode 2018-2022. Melalui SK tersebut maka jabaran organisasi pendidikan tinggi di FPIK UNPATTI berubah menjadi 6 Jurusan dan 6 Program Studi yang dijabarkan sebagai berikut:
1. Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP), menyelenggarakan:
- Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan (PS. MSP);
2. Jurusan Ilmu Kelutan (IK), menyelenggarakan:
- Program Studi Ilmu Kelautan (PS. IK);
3. Jurusan Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan (PSP), menyelenggarakan:
- Program Studi Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan (PS. PSP);
4. Jurusan Budidaya Perairan (BDP), menyelenggarakan:
- Program Studi Budidaya Perairan (PS.BDP);
5. Jurusan Teknologi Hasil Perikanan (THP), menyelenggarakan:
- Program Studi Teknologi Hasil Perikanan (PS. THP);
6. Jurusan Agrobisnis Perikanan (AGP), menyelenggarakan:
- Program Studi Agrobisnis Perikanan (PS. AGP).
Saat ini Kampus Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan UNPATTI beralamat di Jalan Mr. CHR. Soplanit Kampus Poka-Ambon, Telp. (0911) 3825060, Fax. (0911) 3825061 dengan website: fpik.unpatti.ac.id dan email: fpik_unpatti@yahoo.com.